Proses kristalisasi ini terjadi akibat tekanan dan pengaruh suhu dalam waktu yang lama sehingga batuan tampak lebih padat dibandingkan batugamping biasa. Warna batuan umumnya putih hingga abu-abu terang karena kandungan kalsit yang tinggi, sementara pada beberapa bagian dapat terlihat kilap seperti kaca ketika terkena cahaya matahari. Mineral kalsit sebagai penyusun utama memiliki beberapa ciri penting yang mudah dikenali. Kalsit berwarna putih bening hingga keabu-abuan, memiliki kilap kaca, dan tergolong mineral lunak sehingga permukaannya mudah tergores benda keras. Selain itu, kalsit mempunyai bidang belahan sempurna yang membuat batu mudah pecah mengikuti pola tertentu. Ciri paling khas dari mineral ini adalah reaksinya terhadap asam, yaitu mengeluarkan gelembung atau buih ketika ditetesi larutan asam. Reaksi tersebut menjadi tanda utama bahwa batuan mengandung karbonat tinggi.

Struktur batugamping kristalin Pulau Empat juga memperlihatkan sifat batuan karbonat yang relatif mudah mengalami pelapukan kimia. Air hujan yang bercampur asam lemah dapat melarutkan kalsit secara perlahan sehingga membentuk rekahan, rongga kecil, hingga permukaan batu yang tajam. Karena itu, pada beberapa bagian batuan tampak retak-retak alami dan permukaannya tidak rata. Struktur seperti ini menunjukkan bahwa batuan telah mengalami proses pelarutan dalam waktu geologi yang panjang.

Point penting agar mudah diingat yaitu: batugamping kristalin tersusun dari mineral kalsit (CaCO₃), berwarna putih hingga abu-abu, memiliki kilap kaca, teksturnya kristalin dan padat, mudah tergores karena lunak, mempunyai belahan sempurna, serta bereaksi dengan asam hingga berbuih. Ciri-ciri tersebut menjadi identitas utama batu kapur kristalin yang banyak ditemukan pada kawasan karst dan pesisir batuan karbonat.